这封信是一个多月前发送的,和陶艺所说的怪兽袭击他们这座城市时间完全吻合,而在这封电子邮件里,弟弟还提到母星所哼哼人类的地方都被各种变异的飞禽猛兽袭击了。2002年冬天,横浜大桥突然被战斗机炸毁,媒体虽然报导此为自卫队战机所为,但实际上这架战机却并不存在。民众广泛对自卫队产生了不信任感。特车二课第二小队的后藤(大林隆介 配音)队长察觉此事与在99年的那场事件中失踪的自卫队队员柘植有关——1999年,日本陆上自卫队的机器人小队在一次联合国维和行动中遭到全歼。而柘植是特车二课第一小队队长南云(榊原良子 配音)原来的恋人。民众的不信任感达到了顶峰,处于戒严状态的东京面临着大搔乱,人们被即将爆发战争的危机笼罩着。在自卫队王牌队员荒川的帮助下,后藤(大林隆介 配音)和南云追查到了柘植的下落。后藤招集起泉(千叶繁 配音)、篠原(古川登志夫 配音)等特车二课原来的成员们,启动PATLABOR机器人进攻柘植的根据地……