就在陈源郁闷,苏云和陶艺还在宽大的办公桌上下五子棋的时候,屋外忽然有一阵破空声由远及近,迅速飞过来,目标好像就是这栋楼的楼顶,因为破空声迅速到了这栋楼的上空就忽然停熄了。幕末时期,维新派在传奇的刽子手拔刀斋绯村剑心(凉风真世配音)引退后,选出同样具有高超剑术的志志雄真实(池田政典配音)继续着暗杀任务。在维新即将获得胜利之际,为掩盖种种不可告人的秘密,新Z府密谋杀害志志雄。谁知全身遭到重度烧伤的志志雄却从地狱活转,怀着巨大的仇恨制定了“京都破坏计划”,他的手下网罗了四乃森苍紫、濑田宗次郎、宇水、张等一大批高手。与此同时,剑心、京都御庭番众、斋藤、比谷清十郎纷纷行动起来,朝向京都进发。一场决定历史命运的大战即将拉开序幕……